Zakończenie kontroli podatkowej i celno- skarbowej przebiega w odmienny sposób, jak zresztą cały ich przebieg. Przyjrzyjmy się zatem jakie są różnice pomiędzy kontrolą podatkową, a celo skarbową oraz jakie są następstwa zakończenia kontroli podatkowej w porównaniu do kontroli celno-skarbowej.
Różnice pomiędzy kontrolą podatkową a celno-skarbową
| Kontrola Podatkowa | Kontrola celno-skarbowa | |
| Podstawa prawna | Przepisy Ordynacji podatkowej | Ustawa o KAS (Krajowej Administracji Skarbowej) |
| Organ prowadzący | Naczelnicy US lub inne organy podatkowe | Naczelnicy urzędów Celno-skarbowych |
| Zakres kontroli | Przestrzeganie przepisów podatkowych (poprawność deklaracji etc.) | Szerszy zakres obejmujący np.: podatek akcyzowy, cła, gry hazardowe oraz AML |
| Wszczęcie | Powinna odbyć się po zawiadomieniu, jej czas trwania jest ograniczony | Może odbyć się bez zawiadomienia, czas jej trwania jest de facto niegraniczony. |
| Uprawnienia kontrolujących | Ograniczone do weryfikacji dokumentacji, przesłuchań oraz oględzin w zakresie określonym w zawiadomieniu | Rozszerzone o przeszukiwania, zajmowanie mienia, stosowanie środków przymusu |
| Zakończenie | Protokół z kontroli | Wynik kontroli celno-skarbowy |
Zakończenie kontroli podatkowej
Kontrola podatkowa kończy się protokołem, który stanowi swego rodzaju „decyzję”. Na podstawie tej, podatnik może albo dokonać korekty deklaracji, w której wykryto nieprawidłowości, lub też wnieść zastrzeżenia do protokołu kontroli. Zastrzeżenia należy wnieść w terminie 14 dni od dnia doręczenia protokołu wskazując w nich swoje wyjaśnienia, zastrzeżenia oraz stosowne wnioski dowodowe. W przypadku niewniesienia zastrzeżeń, podatnik przyznaje, iż zgadza się z wynikiem kontroli oraz dokona stosownej korekty. Zakończenie kontroli podatkowej następuje wraz z doręczeniem jej protokołu (art. 291 ordynacji podatkowej)
Zakończenie kontroli celno-skarbowej
Kontrola celno-skarbowa kończy się wynikiem kontroli celno-skarbowej, na podstawie którego kontrolowany może w terminie 14 dni od dnia doręczenia skorygować wykryte kontrolą nieprawidłowości. W odróżnieniu od kontroli podatkowej, tutaj podatnikowi nie przysługuje prawo do wniesienia zastrzeżeń. W przypadku, w którym podatnik nie dokona korekty, kontrola celno-skarbowa przekształci się z mocy prawa w postępowanie podatkowe.
Co robić po kontroli podatkowej.
Postępowanie po kontroli podatkowej, nie jest jednoznaczne, dla każdej sprawy. W niektórych przypadkach, najlepiej będzie skorygować wykrytą nieprawidłowość w innych przypadkach, w których protokół pokontrolny, jest naszym zdaniem, krzywdzący rozsądniejsze będzie wniesienie zastrzeżeń do protokołu kontroli. Co powinny zawierać zastrzeżenia? Zastrzeżenia powinny wykazywać wszystko z czym się nie zgadzamy w protokole kontroli. Kontrolujący (organ) obowiązany jest do rozpatrzenia tego co zawrzemy w zastrzeżeniach, niemniej jednak co do zasady, nie będą one rozstrzygnięte na korzyść podatnika, a kontrola będzie podstawą wszczęcia postępowania podatkowego.
Podsumowanie
Przebieg kontroli podatkowej jak i kontroli celno-skarbowej, może przesądzić los późniejszego postępowania podatkowego, a nawet postępowania przed sądem administracyjnym. Dlatego też istotnym jest to aby przy czynnościach organu kontrolującego obecny był profesjonalista, który zadba o interes podatnika, oraz poprowadzi w jego imieniu odpowiednio procedury po zakończeniu kontroli podatkowej.

