Ile wynosi czas trwania kontroli podatkowej w firmie to chyba najpopularniejsze pytanie, jakie zadają sobie podatnicy. Jak to bywa w polskim systemie podatkowym, nie ma na to jednoznacznej odpowiedzi i wszystko zależy od wielu czynników. Zachęcamy do lektury.
Jak długo urząd skarbowy może przeprowadzać kontrolę podatkową?
Aby to ocenić, powinniśmy się odwołać do art. 139 § 1 ordynacji podatkowej, który wskazuje, że załatwienie sprawy wymagającej przeprowadzenia postępowania dowodowego powinno nastąpić bez zbędnej zwłoki, jednak nie później niż w ciągu miesiąca, a sprawy szczególnie skomplikowanej – nie później niż w ciągu 2 miesięcy od dnia wszczęcia postępowania, chyba że przepisy niniejszej ustawy stanowią inaczej.
Zatem w praktyce, należy uznać, że długość trwania kontroli podatkowej na gruncie ordynacji podatkowej nie powinien potrwać dłużej niż miesiąc jednak, jeśli sprawa jest skomplikowana, kontrola podatkowa w firmie ta nie powinna przekroczyć 2 miesięcy. W przypadku, gdyby organ nie zdoła przeprowadzić kontroli w wyżej wskazanym terminie, to ma obowiązek zawiadomić o tym podatnika, wskazując nowy termin przewidywanego zakończenia.
W przypadku, jeżeli organ nie rozpozna sprawy w terminie, podatnikowi przysługuje ponaglenie do organu wyższego stopnia.
Limit czasu trwania kontroli w roku kalendarzowym
Należy jednak zauważyć, że zgodnie z art.291c ustawy o ordynacji podatkowej do kontroli działalności gospodarczej podatnika będącego przedsiębiorcą stosuje się przepisy rozdziału 5 ustawy z dnia 6 marca 2018 r. – Prawo przedsiębiorców.
W praktyce oznacza to, że ustawa o ordynacji podatkowej nie przewiduje wprost długości trwania kontroli podatkowej, jednakże robi to ustawa o prawie przedsiębiorców zgodnie z art. 55 wyżej wymienionej ustawy, czas trwania wszystkich kontroli organu kontroli u przedsiębiorcy w jednym roku kalendarzowym nie może przekraczać w odniesieniu do:
- mikroprzedsiębiorców – 12 dni roboczych;
- małych przedsiębiorców – 18 dni roboczych;
- średnich przedsiębiorców – 24 dni roboczych;
- pozostałych przedsiębiorców – 48 dni roboczych.
Należy zatem uznać, że długość trwania kontroli podatkowej jest uzależniona od wielkości podatnika, zatem jeśli jesteś mikroprzedsiębiorcą to kontrola podatkowa, nie może przekroczyć w jednym roku kalendarzowym 12 dni roboczych. Oznacza to, że jest to stosunkowo korzystny przepis dla podatników, organy podatkowe w teorii nie mogą w nieskończoność przedłużać czasu trwania kontroli podatkowej w firmie.
Oczywiście wyżej wskazany czas trwania kontroli podatkowej w firmie nie jest sztywno ograniczony, jeżeli np. kontrola podatkowa dotyczy (szerzej w art. 55 §2 ustawy o pp):
- przeprowadzenie kontroli jest niezbędne dla przeciwdziałania popełnieniu przestępstwa lub wykroczenia, przeciwdziałania popełnieniu przestępstwa skarbowego lub wykroczenia skarbowego lub zabezpieczenia dowodów jego popełnienia;
- przeprowadzenie kontroli jest uzasadnione bezpośrednim zagrożeniem życia, zdrowia lub środowiska;
- kontrola dotyczy zasadności dokonania zwrotu podatku od towarów i usług przed dokonaniem tego zwrotu;
Kontrola podatkowa może potrwać dłużej niż wyżej wskazany roczny limit trwania kontroli podatkowej dla różnych kategorii przedsiębiorców.

Jak liczyć okres kontroli podatkowej?
Problematyczną kwestią jest również to, w jaki sposób liczyć np. 12 dni roboczych trwania kontroli podatkowej. Sądy w tym zakresie nie są jednomyślne.
I wariant
Organ wszczął kontrolę 1 lipca i od 1 lipca (poniedziałek) do 5 lipca przeprowadzane były czynności kontrolne u mikroprzedsiębiorcy. Następnie od 8 lipca do 13 lipca organ znów kontrolował mikroprzedsiębiorcę. Protokół kontroli został doręczony 30 lipca.
Zdaniem niektórych orzeczeń, takie stanowisko jest prawidłowe, ponieważ do czasu 12 dni roboczych nie powinien zaliczać się m.in. czas na sporządzenie protokołu, czy wewnętrzną analizę organu podatkowe. W naszej ocenie takie stanowisko jest błędne, bowiem organ w praktyce mógłby przedłużać kontrolę nawet do roku (1 dzień roboczy w miesiącu) i od razu wszcząć następną kontrolę, ponieważ w nowym roku kalendarzowym występuje już nowy limit.
Takie stanowisko znajdziemy m.in. w II FSK 385/18 – Wyrok NSA, 6.09.2018 r. „Należy wskazać na przyjęty w orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego pogląd, że do dni kontroli należy zaliczyć tylko te, w których pracownicy kontrolującego organu faktycznie przebywali w siedzibie przedsiębiorcy (wyrok NSA z 7 czerwca 2017 r., sygn. akt II FSK 1418/15).”
II wariant
Organ wszczął kontrolę 1 lipca i od 1 lipca (poniedziałek) do 5 lipca przeprowadzane były czynności kontrolne u mikroprzedsiębiorcy. Następnie od 8 lipca do 13 lipca organ znów kontrolował mikroprzedsiębiorce. Protokół kontroli został doręczony 30 lipca.
Sąd wskazał, że termin 12 dni roboczych należy stosować literalnie, ponieważ ustawa nie przewiduje tutaj wyjątków, 12 dni roboczych to 12 dni roboczych, zatem kontrola powinna zakończyć się 16 lipca.
Takie stanowisko znajdziemy m.in. I FSK 2243/19 – Wyrok NSA, 19.02.2020 r. „między dniem rozpoczęcia kontroli podatkowej a dniem jej zakończenia nie mogło upłynąć więcej niż 12 dni roboczych. Skoro tak ten przepis został sformułowany, to trzeba przyjąć, że chodziło w nim o 12 kolejno po sobie następujących dni roboczych. Z czasu trwania kontroli ustawodawca wykluczył jedynie dni inne niż robocze i nie ma w nim żadnych podstaw do twierdzenia, że wykluczył jednocześnie niektóre dni robocze. To po prostu z przepisu tego nie wynika.”
W naszej ocenie drugi powyższy wariant jest bardziej prawidłowy, ponieważ literalna wykładnia powinna mieć pierwszeństwo, a także wszelkie wątpliwości należy stosować na korzyść podatnika. Masz pytania? Skontaktuj się z nami +48 503 840 011. Kancelaria podatkowa Warszawa jest do Twojej dyspozycji.
Sprawdź również: Kontrola podatkowa a kontrola celno-skarbowa

